Başvuru ücreti 200 -1.200 Euro arasında değişirken, yıllık ücret 1.500 Euro´ya kadar çıkabilmektedir. KOBİ´ler ve gelişmekte olan ülkelerdeki işletmeciler için başvuru ücreti 600 Euro´yu, mikro işletmeler için ise, 350 Euro´yu aşmamaktadır. Yetkili kurum, etiket verildikten sonra, ürünlerin eko-etiket şartlarını karşılayıp karşılamadığını düzenli olarak denetlemektedir.
GÜ: Gelişmekte olan ülkelerden yapılan başvurular. AB Eko-Etiketin yıllık kullanım süresince alınan ücreti 25 bin Euro´dur. Yıllık ücret miktarı küçük ve orta ölçekli işletmeler için 18 bin 750 Euro´ya kadar düşebilmektedir.